光绪二十三年（1897年）八月十五日，翁同龢被任命为协办大学士，但仍兼任户部尚书。这一年，德国借口山东曹州教案入侵胶州湾，翁同龢与张荫桓奉旨办理对德交涉。在与德国驻华公使海靖的多次交涉中，翁同龢坚持要求德国先撤军再谈判，并将教案与撤军分开处理。然而，德国方面并不接受这一方案，甚至以撤旗回国和开战相威胁。翁同龢对此感到非常愤怒，最终光绪帝劝他继续与海靖交涉，但他表示强烈反对，甚至在光绪帝面前表达了自己的不满情绪。尽管如此，他仍然未能改变局势。

光绪二十四年（1898年），詹事府右中允黄思永提议开办昭信股票，筹集对日偿款。翁同龢代表户部复议，并亲自拟定了股票章程，但最终筹集的资金远不及所需。同年正月十三日，光绪帝索阅黄遵宪的《日本国志》，翁同龢的回答未能满足光绪帝的要求。光绪帝还准备允许外国公使觐见时乘坐车辆进入禁门，翁同龢则认为不合礼仪，结果再次遭到光绪帝的批评。

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二月十四日，翁同龢与李鸿章一起与德国签订《胶澳租借条约》。三月初三日，他参与了中俄关于旅大租借问题的交涉谈判，坚持删除俄方约稿中的一些不合理条款。面对各国企图瓜分中国的局面，翁同龢建议大开口岸，召开国际会议，确保各国不侵占中国领土，但这些建议并未被采纳。

三月初六日，翁同龢兼任吏部尚书。三月十三日，德国亨利亲王访华，光绪帝欲在毓庆宫接见，翁同龢以诸多不便为由反对，但未获采纳。四月十二日，御史杨深秀、内阁学士徐致靖上书请求诏定国是。四月二十三日，翁同龢奉命起草《定国是诏》，体现了他主张既要学习西方又要坚持传统儒家思想的观点。然而，四月二十四日，当光绪帝打算在宫内接见外国公使时，翁同龢再次表示反对，并遭到光绪帝的诘责。

最终，四月二十七日，光绪帝以翁同龢“近来办事多不允协，屡遭人参奏，且于召对时咨询事件任意可否，渐露揽权狂悖”为由，勒令他开缺回籍。

六、凄凉晚景

光绪二十四年（1898年）五月十三日，翁同龢离开了北京，回到了家乡常熟。当天，众多故旧门生如王文韶、廖寿恒、孙家鼐、盛昱、张謇等数百人前往马家铺车站为他送行。翁同龢在常熟居住了两个月，期间前往江西南昌探望翁同书的遗孀杨氏。然而，就在他到达南昌十多天后，戊戌政变突然爆发，慈禧太后重新掌控政权，光绪帝被软禁于瀛台，戊戌六君子遭到杀害。

翁同龢得知政变的消息后，心情沉重，头昏目眩。八月十五日，他乘轮船赶回常熟。八月二十三日抵达上海，应恽莘耘的要求在上海停留一天，并了解到北京近期的情况。当他得知谭嗣同等人的密谋以及袁世凯的背叛时，感叹道：“鼠辈谋逆，陷我神明，并贻无穷之祸，真堪痛哭。”

十月二十日，清廷下达命令，将翁同龢革职，永不叙用，并交由地方官编管。十二月，翁同龢搬到了虞山鹁鸽峰下的新居“瓶庐”。在被革职的日子里，他每日诵读《法华经》，研读《易经》《庄子》《荀子》等书籍，并练习书法和绘画以打发时间。尽管身处逆境，翁同龢依然关心国家大事和光绪帝的命运，每当听到有关己亥建储、庚子国变等消息时，他总是忧心忡忡，难以平静。

光绪二十七年（1901年）十月，慈禧太后和光绪帝回銮北京，翁同龢本想前往开封迎接圣驾，但因无人引荐而未能成行。直到光绪三十年（1904年）四月，慈禧太后因庆祝自己的七十大寿，下令将戊戌年被革职的官员开复原职，监禁的地方官管束人员一概释放。翁同龢得知此消息后，感慨地说：“逋臣如得邀此宽典，虽一息尚存，当伏谒君门。”然而，他并未真正被开复原职。

在被解除管束后，翁同龢曾乘船游览苏州、杭州、萧山等地。然而，这次旅行之后，他便卧病在床。张謇曾在五月十八日前往虞山探望病中的翁同龢，两人谈论了立宪的问题，翁同龢对此表示赞同。五月二十一日，翁同龢病情加重，他向身边亲属口占一诀别词：“六十年中事，伤心到盖棺。不将两行泪，轻向汝曹弹。”并引用《论语》中的句子自撰挽联：“朝闻道，夕死可矣；今而后，予知免夫。”当天晚上，翁同龢在虞山鹁鸽峰祖坟旁的家中逝世，葬于祖坟西侧。

翁同龢去世后，庆亲王奕匡曾请求为他开复原官，但被慈禧太后拒绝。直到宣统元年（1909年）十月初三日，在两江总督端方的请求下，清廷才开复了翁同龢的原官。中华民国三年（1914年），在遗老邹嘉来、吴郁生等人的请求下，逊帝溥仪追赠翁同龢谥号“文恭”。