2012年1月18日,在国王杯四分之一决赛中,皇马首回合1:2不敌巴塞罗那,梅西在一次拼抢中受伤倒地佩佩踩踏其左手,但当值主裁并未看到也未给出处罚,赛后这一事件受到了西班牙媒体的强烈谴责,佩佩也因此遭遇西班牙足协警告。
2012年3月21日,皇马在客场被比利亚雷亚尔1:1逼平,赛后,佩佩因在球员通道辱骂裁判被西班牙足协追加禁赛两场。该赛季,佩佩和拉莫斯组成了极其稳健的中后卫组合,佩佩在西甲出场29次,各项赛事共出场45次,打进1球,帮助皇马第32次夺得西甲联赛冠军
2012年8月19日,在2012到13赛季西甲联赛揭幕战中,皇马客场1:1战平瓦伦西亚,佩佩在比赛中与自家门将卡西利亚斯相撞被送往医院。佩佩在穆里尼奥执教的前两个赛季均是主力首发人选,该赛季佩佩因与穆里尼奥发生冲突,逐渐失去主力位置,而取代他的是19岁小将瓦拉内。
2012到13赛季,佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场45次,贡献2球2助攻。
在2013到14赛季中,佩佩为皇马打进了个人职业生涯单赛季最高进球数,各项赛事出场48次,打进5球,其中包括4粒联赛进球,追平了在波尔图足球俱乐部于2006到07赛季创造的单赛季葡超联赛进球纪录。该赛季佩佩曾考虑离开球队,但当时皇马主教练安切洛蒂说服了他,并说到:“瓦拉内是很有天赋,但佩佩就是佩佩,我们对他有信心,他也给了我们信心,他会帮助其他球员,他对球队来说很重要”。
小主,
在2014到15赛季中,佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场43次,打进2球并贡献3次助攻。2014年10月25日,皇家马德里主场3:1逆转战胜巴萨罗那,佩佩在第50分钟打进反超比分的关键进球。
在2015到16赛季中,佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场30次,在欧冠联赛中出场9次,打进1球。在欧冠决赛首发登场,通过点球大战战胜马德里竞技夺得欧冠冠军。
2016到17赛季是佩佩效力皇马的最后一个赛季,因其伤病缠绕出场次数有所减少,在各项赛事出场18次,打进2球,帮助皇马第33次夺得西甲冠军,并拿下2016到17赛季欧冠冠军。
2017年6月,佩佩与皇马合同到期,皇马想要和他续约,但只给出一年合同,而佩佩期待的是两年合同,最终双方未能谈成。
2017年7月4日,土耳其超级联赛球队贝西克塔斯宣布正式与佩佩开始转会谈判,2年合同总价值950万欧元外加单场比赛奖金4000欧元。2018年4月19日,在土耳其杯次回合贝西克塔斯对阵费内巴切的比赛中,佩佩对苏萨铲球犯规拿到了来到球队的首张红牌。