崇祯八年十一月，孙传庭接任陕西巡抚，原陕西巡抚甘阔学被罢官。崇祯帝朱由检在便殿召见孙传庭，孙传庭请求提供充足军饷，但崇祯帝表示“措兵难，措饷更难”，答应给他十万两饷银，其余所需由他自筹。

十二月，孙传庭入秦履职。

期间，孙传庭募得五千劲旅，积极整顿陕西军政，重振明军的战斗力。履任不到一个月就派副将罗尚文斩杀了据守商洛一带的农民军首领张胖子。

崇祯九年二月，卢象升将高迎祥围困在郧阳山区。高迎祥欲经子午谷进攻西安，孙传庭便和陕西三边总督洪承畴率军堵截于子午谷之黑水峪，以逸待劳。

二月底，高迎祥率部从盩厔（今陕西周至）黑水峪进至仙游寺，翌日与孙传庭交战，此后孙传庭“四日三捷”，最终俘获农民军首领高迎祥。

孙传庭由此崭露头角，声名鹊起，几乎超过了他的上司五省总督洪承畴。

次月，明廷抽调陕西、河南、山西、北直隶的各路兵马，共计十八万人，准备再次进攻山东。

而此次，明廷改变了先前两路出击的策略，集中兵力进攻济南城。担任征讨大军主帅的是孙传庭的原上司洪承畴，卢象升、祖大寿、何可纲、贺人龙、左良玉、曹变蛟等将领一同出战。

刘卓见明军来势汹汹，遂调集了五万战兵，以及三万左右的炮兵、后勤部队迎战明廷大军。

五万战兵之中，不仅有一万多重甲卫，还有三万余轻甲卫，以及六千训练有素的骑兵。为了凑齐这些人马，刘卓也顾不得许多，直接从辽东大量抽调。

六月，双方集中兵力在济南以北的禹城附近展开了大战。由于明廷一方的火炮射程、威力不如济南，所以明廷便以质量取胜，调集了近千门的各口径火炮。

开战初期，双方集中火力进行炮击。虽然明军前期的火炮损失严重，但是随着刘卓部火炮炮管发热，明军的火炮又开始发威。双方就此陷入了对耗之中。

洪承畴也没有办法，因为这是其在研究了刘卓的用兵之法后所能最大限度的削弱火炮作用的法子。

几天后，洪承畴与诸将便发现了双方的损耗比，明军至少要动用三门火炮才能毁掉贼军一门火炮。若是长久耗下去，似乎明军取胜的希望还是很大的。

但是，洪承畴低估了济南的军工生产速度，也低估了大明朝的财政压力。

就在双方对轰了二十日后，坐在深宫之中崇祯帝就坐不住了，连下数道谕令，命洪承畴尽快进攻反贼。这也不能怪朱由检，实在是大明的财政压力已经到了难以为继的地步，若是不能尽快收拾了山东乱局，大明朝或许真的就……

崇祯不是不知道将在外君命有所不受的道理，只是漕运这一命脉控制在反贼手中，令其寝食难安。

而且，通过锦衣卫的探查，山东各府百姓对于反贼刘卓好像还颇为拥戴。如此下去，那就了不得了。或许再过上几年，山东六府百姓就不再是我大明百姓，这也是崇祯着急收复山东的重要原因。

洪承畴虽是一介文臣，可自从调任陕西后，便一直与农民军作战，算是一员合格的将帅。

自收到崇祯帝的命令后，洪承畴就没有听从崇祯的旨令，反倒根据近期的战况向崇祯分析战场走势。只要朝廷再坚持向大军增派火炮，迟早能够把反贼的火炮耗尽。