崇祯十七年六月二十九日，崇祯皇帝下达圣旨，任命在剿灭马士英叛党一役中立下大功的金运虎为凤阳总兵，总领凤阳府军务。其他参加平叛的官兵如饶劲衔等人，各有提拔赏赐。

七月初三，史可法将凤阳府所有军务交代给金运虎后，押着刘良佐、黄道权等叛党成员返回了南京。一同返回的，还有伤势养得差不多的刑部尚书张慎言一行。

经过刑部和大理寺几天的审讯，刘良佐和黄道权等人最终承认了违法乱纪、倒卖军粮、跟随马士英谋图叛变的事实。

崇祯十七年七月十四日，南京大理寺宣判刘良佐、黄道权等马士英叛党成员死刑，秋后问斩。

各叛党罪犯的家人，三族以内成年男性发配西南边疆充军；成年女性强制进入工部、户部的国营工厂作坊做工服役；未成年孩童，强制分配给九族以内亲属抚养。

并且，三族以外、九族以内的亲属，要在官府的监督下生活、劳作，不许擅自离开家乡。

这些，都是在杨毅的干涉下形成的判决。

如果按明朝当时处理犯上作乱的叛党反贼的例行做法，刘良佐等人三族以内的亲属就要全部被斩首示众，九族以内亲属全部充军服役，连孩童也不能幸免。

杨毅觉得这种处罚太过残酷，就进行了干涉，只追究了刘良佐等主犯的刑事责任，他们家属的连带责任被大大减轻。虽然还是比后世的刑罚严苛，但对明朝的人来说，杨毅此举就已经当得起“仁慈君主”的评价了。

原来的崇祯帝朱由检大权独揽、独断专横、性格暴虐，经常撤换、斩杀大臣，给人一种“暴君”的感觉。现在杨毅以崇祯帝的身份做出这样的指示，连叛党反贼也不大搞株连了，也算是给崇祯帝挽回了一些名誉。

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