西南防区，总督为解学龙，由原兵部右侍郎调任，授予少将军衔，节制四川省、云南省、贵州省。当然，四川省大部分地区已经被张献忠占领，但还是有少部分地区仍然在南京朝廷的控制之下，西南防区仍然要将这些地区的防务负责起来。

东部防区，总督为郑成功少将，节制浙江省、福建省以及所有中国海域，部队以海军为主。

南方防区，总督为原来的两广总督张同敞，节制广东省、广西省。

除了这些防区的划分、总督的任命外，杨毅还对几个在历史上就有劣迹的武将进行了调任，其中以淮安总兵刘泽清和徐州总兵高杰为主。

因为兵部右侍郎解学龙出任西南防区总督，杨毅就将刘泽清调入南京朝廷，出任兵部右侍郎了。

在职务上，南京兵部右侍郎比淮安总兵要高，加上刘泽清性格懦弱，又被禁卫军表现出来的强势所震慑，最后无奈接受了这个调任。刘泽清空缺的职务，由史可法原来的副将、义子史德威出任。

而徐州总兵高杰，则被杨毅调到广州南方防区去任副总督，看起来也是升职了。实际上，由徐州总兵调到人生地不熟的南方防区去，还是副职，要受总督张同敞的直接管辖，实际权力是被大幅度缩小了。

而高杰空缺的职务，就由历史上的民族英雄、抗清义士、现任的兵部主事夏允彝出任。

还有一些其他在历史上留下叛国降清、苟且偷生等劣迹的武将，纷纷被杨毅以各种理由调到了其他职位上去，充分发扬了“明升暗降”的精神，为他掌握江南所有军权扫除了障碍。

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