随着左梦庚去职，马士秀等人被强制调到外地任职，左良玉一系留在湖广防区的其他将领失去了领头的人，无法形成合力跟军区角力了。

而何腾蛟、袁继咸上任后，又通过人事调任将这些将领交叉调往其他地方任职，逐渐将军队中的私兵色彩消除。没有了亲自招募提拔心腹手下，这些将领也成了一个普通的中高级军官而已，不再具有蛊惑部下跟上司对抗的实力了。

掌握住湖广防区后，杨毅加快了对各大军区的军事改革。

因为税收的增加，有足够的财力支撑军事开支后，杨毅废除了明朝的世袭军户卫所制，改为募兵制。

战时打仗、闲时屯田的卫所制已经不适和现在战争中对官兵军事素质越来越高的要求。

即使不打仗的时候，正规军官兵们也应该要进行各种训练，而不是去耕种土地、自给自足。只有平时多流汗，战时才能少流血。平时不训练，上了战场也是乌合之众，不堪一击。

其实，明朝末年因为卫所制的种种缺陷，在战场上屡屡失利，明军已经产生了大量的逃兵。为了补充兵员，各地将领都或多或少进行了募兵。只不过，这个募兵只是朝廷默许的各地将领私下的动作，没有形成正式的军事制度。

军户卫所制相比募兵制，在战斗力上悬殊非常大。这一点，可以参考实行募兵制的戚家军和其他明军部队的战斗力对比。

就是因为卫所制的官兵不是职业军人，还要兼顾农业生产，不可避免的耽误了军队的训练，也降低了士兵的战斗力。因此，杨毅现在就以朝廷的名义正式废除卫所制，改为募兵制了。

原来的军属土地，全部收归朝廷，转为国有农场，雇佣原来的军户进行耕种。

原来的府兵，全部转为职业军人，全职当兵。配军衔、发薪饷，正式开启全局性的职业军人时代。

当然，为了避免老百姓争相逃避当兵，不响应军队的招募，杨毅也规定了每一个16岁以上、35岁以下，身体健康的非科举官员成年男子，都必须至少要服兵役三年。如果是海军等技术要求更高的兵种，则要服役至少四年。