但是，当来到乾清宫，见完礼，皇上说要建立自己的军事辅助机构时，史可法愣了好一会儿。

“如果皇上感到分身乏术，不能很好的指挥管理全国军队的话，可以将兵部和五军都督府从内阁单独提出来，归皇上亲自指挥就行了。为何还要再成立一个新的辅助机构？”史可法发出疑问道。

朱由检摇头道：“因为以后的军队，将更加职业化、正规化，对军队作战功能的分类将更加的多。兵部和五军都督府都不能很好的达到协助朕指挥管理军队的功能，因此，必须重新成立一个机构，来协助朕指挥管理全国军队。”

史可法点了点头，问道：“那皇上心中有什么计划没？”

于是，朱由检将自己心中已有的架构告诉了史可法，史可法表示赞同。然后，他再根据自己的经验，对其中一些不符合明朝实际的名称、架构进行了修正。

最后，两人商议了几天，再找王承恩、徐孚远进行参谋，拿出了最后的方案。

以朱由检的意见为主，最后拿出来的方案，是成立一个直属皇帝的大都督府，协助皇帝指挥和管理全国的所有军队。

其实，大都督府在明朝开国的时候，被朱元璋短暂使用过一段时间，用来协助朱元璋管理全国所有军队，但后来被五军都督府代替。

但是，到了朱由检这里，明显不可能再分什么前军、后军、左军、右军、中军，也就不可能称呼五军都督府了。

而且，朱由检的这个大都督府，功能也比五军都督府齐全多了，跟朱元璋的那个大都督府也大不一样，只是借用了这样的一个名字而已。

朱由检的大都督府成立后，由史可法出任第一任大都督，授衔中将，协助皇帝处理日常军务。