内阁第一副总理是兵部尚书史可法，其工作职责是负责全国－军队的招募、训练、后勤支援工作，仍兼任兵部尚书衔，但没有调兵权。

调兵权被杨毅牢牢抓在手里，任何人在没有皇帝授权的情况下异地调兵，视同谋反。南京以外的总督、指挥使、总兵同样不许私自带兵离开驻守地。

只有当外敌入侵的时候，被攻击的驻军可以向周围的友军求援，友军部队可以临机处置，出兵进行救援。但是，事后也必须要有充分的行动报告，证明此次出兵是必须的、无法回避的，才能过关，否则同样要遭到严惩。

另外，军队里中高级官员的任命权，也不在吏部和兵部了，同样被杨毅牢牢握在手中。只有杨毅亲自签署命令，盖了国玺的中高级军官升迁调任公文，才能生效。对中高级军官的任命，吏部和兵部只有建议权，无决定权。

这个决定，自然是剥夺了吏部尚书王铎和兵部尚书史可法不小的权力，但杨毅却不会因为私情而心软。

军队以外的其他事情，杨毅都可以酌情考虑，但牵涉到军队的掌控权，杨毅一点都不会放手。这是后世毛爷爷总结出来的铁律：枪杆子里出政权。任何时候，杨毅都认准了这一条，紧抓军权不放手。

关于内阁成员，除了史可法以外，还有吏部尚书王铎、户部尚书乔承诏、刑部尚书张慎言、都察院左都御史刘宗周四人进入内阁，组成了南京朝廷的第一届内阁成员。

第一届内阁包括总理一名，副总理五名，总共六个人。

在一些涉及多个部门，又争执不下的重大政务工作上，实行内阁投票制，少数服从多数。除总理黄道周拥有两票以外，其他五名副总理一人一票，总共七票。

内阁中，杨毅再特派一名司礼监随堂太监列席会议。

这名司礼监的宦官没有发言权，也没有投票权，只有旁观权，但他会将内阁的一些重要会议内容向皇帝汇报。他作为皇帝的代表，履行皇帝对内阁成员的监督职责，以避免内阁将皇帝完全架空。

内阁成立后，杨毅在政务工作上花的时间就大为减少了。他只要在大政方针上给内阁下指示，内阁就会按照他的意愿去具体实施。

而杨毅有些比较激进、不合时宜的改革方案，内阁成员也会根据明朝的实际情况，进行讨论、修改，再反馈给杨毅。杨毅综合内阁成员的意见，改善自己的改革措施，最后再实施下去。